現在市面上大多數的咖啡是不太符合環保,其原因之一咖啡的生產過程中,只是取用咖啡果實 的種子來加以烘焙而成,大批的果肉部分實則成了廢棄物。而另一個衝擊更大的原因是對生態的影響。
在一九七○年代日照栽種(sun-grown)的種植技術發明之前,幾乎所有品種的咖啡都是使用蔭下栽種(shade-grown)技術,在大樹蔭下有限的面積中成長。由於技術化或日照栽種的技術使咖啡 產量大增,目前全世界咖啡有半數係以此法栽種,但也導致物種豐富的森林棲息地遭到破壞,化學肥料和殺蟲劑的使用日增,過去廿五年來,循季節遷徙的鳴禽及其他物種的棲息地驟減。
環保人士呼籲咖啡銷售業者,增加蔭下栽種或完全不使用化學物質的有機咖啡(organic coffee),以 減少日照栽種咖啡的種地面積。以保護野生鳥類為宗旨的「奧都邦協會」發言人拜恩和國際保護團體 副主席彼利吉特均表示,由於咖啡主要產地與維持物種多樣性的地區多所重疊,若改種蔭下栽種或有機咖啡,對候鳥主要棲息地中南美洲的保護至關重要。
強調環保與消費意識的鳴禽基金會調查發現,小型特製咖啡公司經銷的咖啡豆,只有三種是百分之百採取蔭下栽種,有十八種咖啡豆為有機生長,而大多數有機咖啡是在蔭下栽種。該基金會過去兩年一直致力提升消費者、咖啡零售業者和咖啡製造商,「顧及鳥類的」咖啡意識。